Lenine Santos é considerado hoje um dos mais importantes intérpretes e pesquisadores da música brasileira. Sua estréia em ópera se deu em Brasília, sua cidade natal, em 1990, no papel de Azaël, em L’enfant Prodigue, de Debussy. Em 1993 estreou no Teatro Municipal de São Paulo no papel de Arlechino , em I Pagliacci, e desde então já foi Tamino em Die Zauberflöte, Basílio em Le Nozze di Fígaro, Monsieur Vogelsang em Die Schauspieldirektor, Alfredo em La Traviatta, além de participar de várias estréias de óperas de compositores brasileiros, como A Redenção Pelo Sonho, de Tim Rescala, e 22, Antes e Depois, de Arrigo Barnabé.

Dentre seus trabalhos mais importantes em oratório e cantata, destacam-se a Paixão Segundo São João de J. S. Bach, o Te Deum de Anton Bruckner e o de Charpentier, a Missa Criolla, de Ariel Ramirez, as missas de Réquiem e da Coroação, de W. A. Mozart.
Mestre em Música pela UNESP, tem sido docente convidado para vários importantes festivais brasileiros. 

Seu trabalho de pesquisa, interpretação e divulgação da música de câmara brasileira tem resultado em vários registros fonográficos, como os Cds XX COMPOSITORES BRASILEIROS (1998), ESPIRAL (2000), ESTRÉIAS BRASILEIRAS e REMEIROS DO RIO SÃO FRANCISCO (2002), e CAIPIRA (2004), este com a cantora Suzana Salles e o violeiro Ivan Vilela. Estreou canções de vários compositores brasileiros como Osvaldo Lacerda, Achille Picchi, Amaral Vieira, Kilza Setti, Almeida Prado, Sérgio Vasconcelos Corrêa, Tim Rescala, Arrigo Barnabé e Gilberto Mendes.